Sundhedsstyrelsen fører tilsyn med sundhedspersoners faglige virksomhed i henhold til autorisationsloven.
Sundhedsstyrelsen fører således tilsyn med lægers og tandlægers ordinationer af udvalgte (kopieringspligtige) lægemidler, hvilket sker ved, at alle apotekerne indberetter til et centralt register. Sundhedsstyrelsen kan på den måde følge den enkelte læge eller tandlæges ordination af morfika og visse andre afhængighedsskabende lægemidler til patienterne, og hvor meget vedkommende rekvirerer til brug i praksis.
Som et led i Sundhedsstyrelsens tilsyn med sundhedspersoner kan styrelsen sætte en person i skærpet tilsyn, udstede påbud til vedkommende eller indstille til Indenrigs- og Sundhedsministeriet, at der indledes en sag ved domstolene om hel eller delvis indskrænkning af en persons autorisation. Der er herved tale om, at Sundhedsstyrelsen følger op på sager, hvor der allerede er konstateret kritik af Sundhedsvæsenets Patientklagenævn, tandlægenævnene eller domstolene.